Als Vertiefung der Grundstufe kann die analytische Oberstufe des AT sinnvoll bei der Prophylaxe und Behandlung psychischer und psychosomatischer Beschwerden und Erkrankungen angewandt werden. Die Oberstufe erweitert die Grundstufe und Beschäftigt sich mit den inneren Bildern und die therapeutische Nutzung davon. Die 7 Übungen unterscheiden sich Visuelle Übungen und Persönlichkeitsentwicklung. Das Ziel der Oberstufe ist mit dem therapeutischen Instrument der Oberstufe die eigenen Zusammenhänge zu verstehen und in der Persönlichkeitsentwicklung Vorwärts zu gehen. Die Voraussetzung um die Oberstufe erlernen zu können ist das Beherrschen der Unterstufe vom Autogene Training.

1. Stufe Farben sehen
2. Stufe Gegenstand sehen
3. Stufe Abstrakte sehen
4. Charakterbildung
5. Umwandlung von Objekten
6. Filmstreifen
7. individuelle Bilder mit persönlicher Zielsetzung

So könnte der Ablauf von einer einzeln Beratung oder Behandlung aussehen:

1. Anamnese, Problemsituation
2. Zieldefinition
3. Ressourcen finden
4. Veränderung
5. Lösung verankern
6. Abschlussgespräche, weiteres Vorgehen besprechen